1982年にTV放映されたSFアニメ「超時空要塞マクロス」を発端とする「マクロス」シリーズの、「マクロスF（フロンティア）」を新たな解釈で再構築した劇場版2部作の第1弾。西暦2059年、新天地を目指し宇宙をさまよう銀河移民船団「マクロス・フロンティア」でパイロットになることを夢見る少年・早乙女アルトは、毎日同じことが繰り返される日常に閉塞感を感じていた。そんなある日、歌姫のシエリル・ノームが船団へやって来る。